1.使用方面有區別
微信公眾號商城的層級較多，以微趨道基于微信認證服務號開發的商城為例，需要用戶關注服務號，點擊自定義菜單，進入對應頁面至少三步操作。如果是有贊這種訂閱號加外鏈商城的方式，則后期使用至少需要四步操作，即打開訂閱號折疊欄，打開對應訂閱號，點擊自定義菜單，進入對應頁面。從上述描述，可以看到用戶打開商城的操作步驟比較繁瑣。
小程序沒有任何層級，直接掃碼或者點擊就能打開，可謂一步到位，用戶操作步驟相當簡單，更利于商家推廣和留存客戶。

2.體驗方面有區別
傳統公眾號開發借助的是HTML5技術，穩定性和流暢性比不上原生態APP。小程序擁有近乎原生態APP的體驗，并且無需安裝、注冊和卸載，更不用考慮針對不同應用系統單獨開發，以及不同手機型號的兼容性問題，加載更快，體驗更流暢。

3.價格方面有區別
原來做微信公眾號開發的第三方公司，基本上都很清楚小程序的趨勢將不可阻擋。
很多技術服務商比較激進，將小程序開發與公眾號開發徹底獨立開來，讓用戶能以更低的成本開發小程序，原來做一個公眾號商城需要四千多，現在做一個小程序只需要兩千多。

4.運營方面有區別
都知道微信公眾號是基于粉絲運營的，不管是原創內容，還是搞各種營銷活動，無非是為了吸引用戶關注，然后再想法子轉化他們，引導他們在商城里面消費。所以做了微信商城的用戶做一個商城只是開始，后期需要想法設法吸引別人關注，其實這個也不是很大的問題，基本上做一場活動，讓一次利就能吸引不少人，問題是關注后這些人絕大部分最終成為僵尸粉，或者取消關注了，所以運營對于商家來說是個頭疼的問題。
微信小程序很簡單粗暴，就是基于用戶的使用和消費場景，如用戶需要購買什么東西，剛好有個對應的小程序出現，交易就能達成，省卻了中間所有的環節，不需要運營者絞盡腦汁的吸引關注。